Như chúng ta chữa lành thân thể và trái tim bằng sự ý thức, chúng ta cũng có thể chữa lành tinh thần như vậy. Chúng ta có thể học biết về bản chất và nhịp độ của các cảm giác và tình cảm, chúng ta cũng có thể học về bản chất của các tư tưởng. Khi nhận ra các tư tưởng của mình trong thiền niệm, chúng ta khám phá ra rằng chúng không nằm trong tầm kiểm soát của chúng ta – chúng ta bơi trong một dòng suối liên tục không được mong muốn của các ký ức, dự tính, mong đợi, phán đoán, hối tiếc. Tinh thần bắt đầu chứng tỏ nó chứa đựng mọi khả thể, thường xung khắc với nhau – các đức tính đẹp của một ông thánh và các mãnh lực đen tối của một kẻ độc tài và kẻ sát nhân. Từ những tư tưởng này, tinh thần phác thảo các kế hoạch và tưởng tượng, tạo ra vô vàn các nỗ lực và các tình huống để thay đổi thế giới. 

Thế nhưng căn nguyên các chuyển động này của tinh thần là sự không hài lòng. Có vẻ như chúng ta vừa muốn có sự thích thú vô hạn vừa muốn có sự an bình hoàn toàn. Thay vì được phục vụ bởi việc suy nghĩ, chúng ta bị nó lôi kéo bằng nhiều cách vô thức và không suy xét. Trong khi các tư tưởng có thể hữu ích và sáng tạo vô cùng, rất thường xuyên chúng thống trị kinh nghiệm của chúng ta bằng các ý tưởng ưa thích chống lại chán ghét, cao chống lại thấp, bản thân chống lại người khác. Chúng kể các câu chuyện về những thành công và thất bại của mình, lên kế hoạch cho sự an toàn của mình, và thường nhắc nhở chúng ta nhớ mình là ai và mình nghĩ mình là ai. 

Bản chất nhị nguyên của tư tưởng là cội nguồn sự đau khổ của chúng ta. Mỗi khi chúng ta nghĩ về mình như là những phần tách rời nhau, thì sợ hãi và quyến luyến phát sinh và chúng ta cảm thấy bị bóp nghẹt, có thái độ tự vệ, tham vọng và địa phương. Để bảo vệ cái tôi tách rời này, chúng ta đẩy xa một số điều, trong khi gắn bó với một số khác và tự đồng hóa mình với chúng. 

Một nhà tâm bệnh học ở Trường Đại học Y khoa Standford đã khám phá ra các sự thật này khi ông lần đầu tiên tham dự cuộc tỉnh thiền tập trung mười ngày. Tuy ông từng học phân tâm học và làm việc trong ngành trị liệu, ông chưa bao giờ thực sự gặp gỡ tinh thần của chính mình một cách liên tục mười lăm giờ mỗi ngày trong thiền niệm lúc ngồi và đi bộ. Sau này ông có viết một bài về kinh nghiệm này, trong đó ông mô tả về một giáo sư tâm bệnh học đã cảm thấy mình phát điên lúc ngồi thiền. Dòng thác tư tưởng cuồn cuộn làm ông kinh ngạc, cũng như hàng loạt những câu chuyện điên cuồng mà nó kể ra. Đặc biệt lặp đi lặp lại các tư tưởng tự cao tự đại, tư tưởng trở thành một giáo sư hay văn sĩ nổi tiếng, hay thậm chí một đấng cứu thế. Ông biết nhìn vào nguồn gốc của các tư tưởng này, và ông khám phá ra rằng tất cả chúng đều bắt nguồn từ sợ hãi: trong thời gian tịnh thiền, ông cảm thấy hoang mang về bản thân mình và về những gì ông biết. Các tư tưởng lớn lao này là một cách bù trừ của tinh thần để ông không phải cảm thấy sợ vì mình không biết. Nhiều năm sau, ông giáo sư này đã trở thành một nhà hành thiền rất cừ, nhưng trước hết ông đã phải làm hòa với các kiểu bận bịu và đáng sợ của một tinh thần không được huấn luyện. Từ dạo đó, ông cũng đã học được thái độ không quá quan trọng hóa các tư tưởng của chính ông. 

Chữa lành tinh thần diễn ra theo hai cách. Chúng ta chú ý tới nội dung các tư tưởng của chúng ta và học biết định hướng lại chúng một cách tài tình hơn nhờ thực hành suy tư khôn ngoan. Nhờ sự chú ý này, chúng ta có thể biết được và giảm bớt các kiểu lo lắng và ám ảnh có hại, chúng ta có thể làm sáng tỏ sự hoang mang của mình và giải tỏa các quan điểm và các ý kiến tai hại. Chúng ta có thể sử dụng tư tưởng cố ý để suy tư sâu hơn về điều chúng ta quý chuộng. Câu hỏi, Tôi có yêu thực sự không? ở chương 1 là một ví dụ về điều này, và chúng ta cũng có thể hướng tư tưởng của chúng ta vào những đại lộ khôn khéo của lòng yêu thương nhân hậu, lòng tôn trọng và tinh thần thoải mái. Nhiều việc thực hành của Phật giáo sử dụng việc lặp đi lặp lại các câu này để phá vỡ các mẫu tư tưởng tai hại cũ và tạo ra sự thay đổi. 

Nhiều nỗi đau của thế giới phát sinh khi tinh thần bị cắt đứt khỏi trái tim. Trong thiền niệm, chúng ta có thể tái nối kết với trái tim chúng ta và khám phá ra ý nghĩa nội tâm của khoảng không bao la, của lòng từ tâm và sự thống nhất ẩn bên dưới mọi xung khắc tư tưởng. Trái tim cho phép sự tồn tại của các câu chuyện và các ý tưởng, các tưởng tượng và nỗi sợ của tinh thần mà không tin vào chúng, không phải đi theo chúng hay thể hiện chúng. Khi chúng ta chạm tới phần ẩn bên dưới tư tưởng, chúng ta khám phá ra một sự yên lặng ngọt ngào và chữa lành, và sự bình an nội tại trong mỗi chúng ta, một cõi lòng tốt lành, sức mạnh và sự toàn vẹn vốn là quyền bẩm sinh của chúng ta. Sự tốt lành cơ bản này đôi khi được gọi là tính nguyên thuỷ của chúng ta, hay là Phật tính. Khi chúng ta trở về với bản tính nguyên thuỷ, khi chúng ta nhìn thấy mọi đường lối của tinh thần mà vẫn nghỉ ngơi trong sự an bình và tốt lành này, chúng ta khám phá ra sự chữa lành tinh thần.