Trong phần nói về phép quán niệm sáu giác quan và sáu loại đối tượng của giác quan, kinh có nói đến danh từ nội kết. Nguyên tiếng Phạn là samyojana, có khi được dịch là kiết sử. Kiết có nghĩa là kết tụ lại thành một khối. Sử có nghĩa là có tác dụng ràng buộc và sai sử.

Nội kết được chia làm nhiều loại. Mê muội, tham ái, sân hận, kiêu mạn và nghi ngờ là năm thứ nội kết nặng nề nhất gọi là năm độn sử. Thân kiến, biên kiến, tà kiến, kiến thủ kiến và giới cấm thủ kiến thì ít nặng nề hơn và dễ phá trừ hơn, vì vậy được gọi là năm lợi sử. Khi mắt chạm sắc, tai chạm thanh, mũi chạm hương, lưỡi chạm vị, thân chạm xúc và ý chạm pháp, tùy theo cách thức tiếp nhận của tâm ta mà nội kết thành hình hay không thành hình. Khi có người nói nặng với ta, nếu ta có đủ hiểu biết và không cố chấp thì ta không cảm thấy bực tức, và do đó trong tâm ta nội kết không thành hình. Nội kết ấy có bản chất sân hận. Khi ta hiểu lầm một câu nói hay một sự việc thì bản chất của nội kết này là mê muội, và mê muội có thể là chất liệu cho bực tức, kiêu mạn, tham ái và nghi ngờ. Mê muội là chất liệu của mọi nội kết. Tên thật của nó là vô minh (avidya), sự thiếu sáng suốt.

Nội kết thường có tính cách của khổ thọ. Nhưng nội kết có khi cũng có tính cách của lạc thọ. Khi ta tham đắm vào sắc, thanh, hương, vị, xúc và pháp, những nội kết có tính chất tham ái được hình thành, và tính chất ban đầu của chúng có thể là những cảm giác dễ chịu. Nhưng vì ta tham đắm cho nên ta bị ràng buộc, và khi những nhu yếu của sự ham muốn không được thoả mãn thì ta lại có những khổ thọ. Từ rượu, thuốc lá, nha phiến, cho đến miếng ngon, bóng sắc, âm nhạc, những lời ngợi khen, v.v… những đối tượng ấy của sáu căn đều có thể tạo ra nội kết trong ta, và những nội kết này có thể bắt đầu bằng những lạc thọ. Đã có nội kết rồi thì ta bị những nội kết ấy sai sử, chúng bắt ta đi tìm lại những đối tượng ấy và những lạc thọ ấy. Tình yêu cũng là một loại nội kết, bởi vì trong tình yêu thông thường ta biết có chất liệu của sự đam mê. Trong văn chương, tình yêu được gọi là một “bệnh” (lovesickness, bệnh tương tư), có khi là một “tai nạn” (bị tiếng sét tình ái, tomber amoureux, falling in love). Nguyễn Bính nói: “Chao ôi, yêu có ông trời cứu”. Tình yêu có thể được chuyển hóa để tính chất đam mê, ích kỷ và độc tài trong ấy được thay dần bằng khả năng hiểu biết và khả năng đem lại hạnh phúc cho người mình thương, khả năng thương yêu mà không đòi hỏi điều kiện và sự đền trả. Công trình chuyển hóa này cũng là công trình chuyển hóa nội kết.

Những nỗi khổ đau trong ta cũng là những nội kết phát sinh từ mê muội, tham ái, sân hận, kiêu mạn và nghi ngờ. Nếu những phiền não này không được chuyển hóa thì những khổ đau kia vẫn còn nguyên vẹn. Trong cuộc sống hàng ngày, những hạt giống khổ đau có thể được liên tục gieo trồng vào tâm thức ta do chính bản thân chúng ta, với hay không với sự hợp tác của người khác.

Người khác có thể nói hoặc làm những điều có khả năng gây nên nội kết nơi ta, nhưng nếu ta có sẵn hạt giống hiểu biết, rộng lượng và từ bi thì những điều họ nói và làm không thể gây nội kết nơi ta được. Vì vậy rốt cuộc tất cả đều tùy thuộc nơi cách thức ta tiếp nhận những gì xảy ra trong đời sống hàng ngày. Nếu ta vững chãi, thảnh thơi, có hiểu biết và từ bi, và nhất là không vướng vào ngã chấp, thì những điều người khác làm, người khác nói sẽ không đủ tác dụng gây nội kết trong ta.

Sống theo phương pháp của kinh Bốn Lĩnh Vực Quán Niệm, ta tập ý thức về sự phát sinh, tồn tại và chuyển hóa của những nội kết: “Vị ấy ý thức về những nội kết chưa sinh nay đang phát sinh, về những nội kết đã sinh đang được khử diệt, về những nội kết đã được khử diệt không còn tái sinh nữa” (Tụng bản I). Trong đời sống hàng ngày, ta thực tập chánh niệm để nhận diện được những nội kết mới phát sinh để tìm cách chuyển hóa chúng. Nếu ta cứ để cho các nội kết cứ tồn tại và lớn mạnh trong ta thì có lúc ta sẽ bị chúng trấn ngự. Lúc ấy công việc chuyển hóa sẽ trở nên rất khó khăn và cuộc đời của chúng ta sẽ rất đau khổ. Một nội kết có chất sân hận hoặc tham đắm hoặc nghi ngờ… khi mới phát sinh cần được ta lưu ý tới để mà chuyển hóa. Khi mới phát sinh, hạt giống nội kết còn yếu, công việc chuyển hóa còn chưa khó khăn. Trong lúc sống chung, ta nên giúp nhau để chuyển hóa nội kết của nhau, để có thể ngăn ngừa khổ đau và bảo vệ hạnh phúc cho nhau. Bằng cách thực tập hiểu biết và sử dụng ngôn ngữ từ ái, chúng ta có thể giúp cho nhau rất nhiều. Khi ta sống chung, hạnh phúc không còn là một vấn đề cá nhân nữa, nếu người kia không có hạnh phúc thì ta cũng khó có hạnh phúc. Vì vậy, hóa giải nội kết nơi người kia tức là tạo hạnh phúc cho chính mình vậy. Vợ có thể gây nội kết cho chồng, chồng có thể gây nội kết cho vợ, và nếu những nội kết ấy tiếp tục được gây cho nhau thì một ngày nọ hạnh phúc sẽ không còn. Vì thế mỗi khi có một nội kết mới gây, người vợ phải biết rằng mình có nội kết mới gây. Người ấy không nên bỏ qua. Người ấy phải có thì giờ quán chiếu về nội kết của mình. Người ấy có thể nhờ chồng giúp đỡ để chuyển hóa nội kết: “Anh ơi, em có nội kết, anh hãy giúp em”. Điều này có thể làm được, khi tâm trạng hai người nhẹ nhàng chưa có nhiều nội kết. Vợ hành xử như thế mà chồng cũng hành xử như thế.

Như ta đã biết, nội kết nào cũng có chất liệu vô minh. Nếu quán chiếu và thấy được tính chất vô minh trong cách thức mình tiếp nhận nội kết hoặc tính chất vô minh trong cách thức người kia gây ra nội kết thì ta có thể chuyển hóa được nội kết. Trong các bài tập thứ mười hai (quán chiếu về gốc rễ và bản chất của cảm thọ), thứ mười ba (quán chiếu về tâm tham dục), thứ mười bốn (quán chiếu về cái giận) và thứ mười lăm (quán từ bi), chúng ta đã thấy rằng khi rọi ánh sáng duyên sinh vào tâm ý và sự việc thì ta thấy được gốc rễ và tự tính của những tâm ý và sự việc ấy, ta chuyển hóa được những nội kết với chúng và thoát khỏi những cảm thọ khổ đau mà chúng có thể gây nên. Bản chất của thiền quán là nhìn và thấy được tự tính của các pháp. Sự chuyển hóa của nội kết là kết quả của cái thấy ấy.