Rất khó để định nghĩa về khoa học Mật thừa. Từ một quan điểm này, khoa học Mật thừa chứa đựng mọi thứ. Theo một quan điểm khác, khoa học chỉ có thể là hoạt động ứng dụng các phương pháp mang tính khoa học. Có một ý kiến chung cho rằng Phật giáo là tôn giáo có tính khoa học nhất. Bởi lẽ trong Phật giáo, một câu trả lời có thể đáp ứng cho mọi hiện tượng, sự vật – ở cả hai: thế gian và hiện tượng tâm linh. Đức Phật đã khuyến khích các đệ tử của Ngài đặt câu hỏi và thử nghiệm nó. Ngài nói rằng bạn phải đặt câu hỏi nếu bạn có những nghi ngờ. Theo Phật giáo thì đây là sự thật, vì không cần thiết đưa lời giảng của Ngài cho những điều bạn chưa hiểu. Nếu chính bạn nhận ra sẽ tốt hơn, thông qua đặt câu hỏi và khám phá bởi chính bạn. Sự nhấn mạnh vào tính giá trị của chân lý là lý do khiến Phật giáo được xem xét là mang tính khoa học. Còn có cả những điều khác nữa. Phật giáo Tây Tạng dạy khoa học uyên thâm về cuộc đời, và tất cả các mối liên kết tới con đường hướng đến sự tỉnh giác. Có mười khía cạnh kiến thức – năm khía cạnh bình thường, và năm khía cạnh phi thường. Khoa học Mật thừa là năm khía cạnh kiến thức phi thường. Khoa học Mật thừa gồm có y học, toán học, và chiêm tinh học. Tất cả những lĩnh vực này đều có mục đích cao nhất là làm lợi lạc cho chúng sinh.

Khoa học hiện diện trong Kinh điển và Mật điển. Toàn bộ lời giảng của Đức Phật là mang tính khoa học – có trật tự và mang tính hệ thống, và cũng không giới hạn cho Mật thừa. Tuy nhiên, trong Mật thừa có sự nhấn mạnh đặc biệt và chi tiết khiến cho các chủ đề có sự suy xét rất rõ ràng. Do vậy tên gọi khoa học Mật thừa là phù hợp. Theo ý nghĩa Phật giáo, khoa học nghĩa là các nguyên lý được dạy rất rõ ràng, với sự giải thích chi tiết để trả lời mọi câu hỏi có thể được nêu ra. Không có gì để trở thành cuồng tín. Vì sự kết nối hợp lý và đúng đắn bởi lẽ chân lý của những điều này có thể thử nghiệm được. Sau khi đạt giác ngộ, Đức Phật đã dạy về những điều đó trong hơn bốn mươi lăm năm, và các giáo lý của ngài rất khoa học.

Thông thường, nhiều người ngay cả những người có nền tảng Phật giáo và ở Phương Đông là khá vô minh về điều này. Bởi vì do thiếu thông tin hoặc là hiểu biết, nên họ tin rằng Phật giáo không phải là khoa học. Giống như cách nói mặt trời không nóng. Do vậy, đối với tất cả Phật tử việc chấp nhận và hiểu biết về bản chất khoa học của Pháp là rất quan trọng. Có nhiều Phật tử tôn trọng các phát minh khoa học hơn là những lời dạy của Đức Phật. Tuy nhiên nhiều nhà khoa học lại tôn trọng những lời dạy của Đức Phật. Như trong nhiều bài viết của nhà bác học Albert Einstein có thể nhận thấy sự phản ánh tư tưởng của Phật giáo. Thuyết Tương đối của ông là thể hiện không thể nghi ngờ quan điểm Phật giáo. Thật là điều tốt, may mắn cho những Phật tử được nương tựa vào Phật giáo để học hỏi về giá trị thực tế của tôn giáo của mình.

Phạm vi của khoa học Mật thừa là rất rộng lớn, và rất khó để đề cập chỉ một vài khía cạnh của nó trong một phần tóm tắt. Phạm vi của Mật thừa trải rộng từ sự hiểu biết khoa học và hoạt động của tâm với những yếu tố vi tế nhất của nó, cho đến khoa học tự nhiên căn bản. Khoa học tự nhiên bản thân nó đã là một chủ đề bao la, nhưng chúng ta có thể hiểu biết tốt hơn bằng cách liên hệ với thân thể vật lý của con người và với hành tinh của chúng ta. Đức Phật đã dạy về khoa học vật lý của con người nhiều lần. Ngài đã dạy về điều này trong kinh A tì đạt ma và nhiều kinh điển khác. Và nội dung này cũng có trong hầu hết các Mật điển. Có bốn loại giáo lý của Đức Phật trong Giới luật, Luận tạng, Kinh điển, và Mật điển – tất cả đều chứa đựng những bài giảng về khoa học tự nhiên. Luận tạng cho những nguyên lý đơn giản nhất, các thảo luận trong Kinh thừa là cao hơn. Những chi tiết cuối cùng Đức Phật dạy trong Mật điển là những câu trả lời cho những câu hỏi sau cùng. Vì vậy, có bài giảng căn bản, bài giảng cao hơn, và các chủ đề hoàn chỉnh. Trong tất cả ba phương diện đó, Đức Phật đã dạy rằng thể xác con người là ngôi nhà trực tiếp của tâm. Ngài đã miêu tả như thế. Không có tâm, thì đó là thể xác chết. Cho dù thể xác ở trong điều kiện tốt như thế nào, nhưng không có tâm, nó sẽ chết. Thể xác chỉ sống khi có tâm sống và hoạt động thông qua nó.

Cơ thể được chia thành các nhóm như: năm nội tạng chính bên trong như là tim; sáu bộ phận chứa đựng chủ yếu bên trong, như là dạ dày. Thông qua cấu trúc phức tạp của xương, dây thần kinh, hệ thống tuần hoàn, và vân vân phối hợp cùng với nhau với ba chất cân bằng. Những chất này gọi là mật, được mô tả có màu vàng, đờm dãi có màu trắng; và không khí cung cấp áp lực cho sự vận động trong thân thể. Khi những yếu tố này cân bằng, sức khỏe của chúng ta tốt. Khi bị nó mất cân bằng, chúng ta bị ốm. Những yếu tố này tác động chúng ta ở cả hai phương diện vật chất và tinh thần.

Khi tất cả các cơ quan và các quá trình trong cơ thể cân bằng, thì đấy là ngôi nhà tốt cho tâm. Nhưng còn có quá trình khác vi tế hơn liên quan đến sức khỏe tinh thần được vận hành trong hệ thống (cơ quan nội tạng) bên ngoài như đã mô tả. Quá trình này bao gồm các kinh mạch vi tế xuyên qua năng lực sống và chất cốt lõi. Năng lượng và chất đó hoạt động cùng nhau trong kinh mạch trung tâm và các kinh mạch nhỏ hơn phát ra từ đó, điều khiển các chức năng của cơ thể vi tế.

Như chúng ta nhận thấy, tất cả những khởi đầu này, khi tâm thức đi vào giai đoạn đầu tiên của cơ thể lỏng (phôi), đồng hành với thể năng lượng – xảy ra vào bất cứ khi nào sự thụ thai của một cơ thể sống diễn ra. Nghiệp lực của các kiếp sống trước của chúng ta thúc đẩy quá trình này. Do tham dục, sân hận, vô minh, và các ô nhiễm khác, chúng ta đã tạo ra các nhân cho tái sinh. Đây là khởi đầu của khoa học sinh học trong Phật giáo, do nghiệp lực, các nhân tạo ra sắc tướng vật chất và năng lượng. Phôi, thể vi tế của tâm, và nghiệp lực – ba yếu tố này kết hợp với nhau – để khởi đầu cho sự sống. Với năng lượng này và hình thành các kinh mạch phát triển. Khi các kinh mạch phát triển, năng lượng chảy dọc theo chúng. Khi đủ các kinh mạch cùng với những cấu trúc vật lý thích hợp phát triển, một đứa trẻ ra đời. Các kinh mạch này phát triển hơn khi chúng ta lớn dần theo thời gian cho đến khi trưởng thành. Các kinh mạch ngừng phát triển khi thể xác vật lý đã hoàn thiện. Khi cơ thể già đi thì các kinh mạch bị tác động của tuổi tác.

Trong cơ thể của ta có ba kinh mạch chính, một ở giữa, một ở phía bên phải, và một ở phía bên trái. Kinh mạch bên phải có mười nhánh chính, kinh mạch bên trái có mười bốn nhánh chính. Ở phía trái tim có năm nhánh chính được biết như năm vi mạch bí mật, và rất quan trọng. Tính chung là có ba mươi hai kinh mạch, bao gồm cả ba kinh mạch chính (như đã mô tả). Từ ba mươi hai kinh mạch này hình thành ra sáu trung tâm năng lượng. Một là phía trên của đỉnh đầu: huyệt bách hội; hai là đỉnh đầu, ba là cổ họng, bốn là trái tim, năm là đan điền, và sáu là phía dưới đan điền. Bên ngoài của mỗi trung tâm, các nhánh mở rộng qua cơ thể, tới tất cả các lỗ chân lông. Số lượng của các nhánh được ghi chú rất rõ trong các kinh sách Mật thừa. Nhưng chưa cần thiết để nói kỹ về những điều này vào giai đoạn này, vì chúng ta không thể thực hành được nhiều với chỉ toàn thông tin. Chúng được nêu ra để cho thấy phạm vi bao quát của khoa học Mật thừa.

Cũng có năm sự phân loại chính về năng lượng để giúp cơ thể hoạt động. Đầu tiên là sự thải ra hay là bài tiết năng lượng. Đó là năng lượng giúp loại bỏ chất thải, đưa đến tóc và móng dài ra, tế bào chết, mồ hôi, và các loại thải ra khác. Năng lượng thứ hai gắn kết các bộ phận lại với nhau, như là nước giúp cho đất sét gắn kết để tạo ra các hình dáng riêng biệt. Năng lượng thứ ba là nhiệt (sức nóng) rất quan trọng giúp cho tiêu hóa và giữ mọi thứ hoạt động và sống. Nó cũng giữ cho cơ thể khỏe mạnh và thoát khỏi hư hoại. Năng lượng thứ tư là áp suất. Đây là khía cạnh mạnh của năng lượng, và được gọi là chống lại lực hút (trái đất). Nó cũng giúp cung cấp máu lên não, ngay cả khi chúng ta đang đứng; nếu đứng bằng đầu thì máu vẫn lưu thông ở chân của chúng ta. Cuối cùng, năng lượng thứ năm được gọi là “sự điều hòa” – nguồn cân bằng hay là nguồn phân phối. Nó giúp chuyển tất cả những thứ cần thiết đến các bộ phận cơ thể đúng lúc và hợp lý.

Tương tự như với năm nguồn năng lượng chủ yếu là năm loại khí (air) có mối liên hệ mật thiết với hơi thở vật lý của chúng ta. Sự kết hợp của khí hoạt động qua các kinh mạch, đạt tới những nơi vi tế nhất, mang các loại chất nuôi dưỡng khác nhau tới bộ phận cơ thể nhỏ nhất. Mọi lỗ chân lông đều thở. Trong khoa học Mật thừa có đưa ra cách thiền sử dụng hơi thở và tư thế đúng có thể chữa khỏi những xáo động thần kinh. Khi xem xét năm loại khí và tư thế thiền giúp ta biết được khoa học Mật thừa đã kết hợp kinh nghiệm với thực hành như thế nào.